欧盟行业组织称，欧盟对未获批转基因饲料进口的禁止令将完全切断从北美洲和南美洲的饲料进口来源，这将大幅提高欧盟畜牧业成本。

欧盟农业贸易伙伴如美国、巴西和阿根廷批准的转基因饲料种类越来越多，但欧盟对转基因饲料实行零容忍政策。欧盟粮食商会(Coceral)主席Jean Michel Aspar称，欧盟完全依赖大豆饲料进口作为蔬菜蛋白质的主要来源，其他替代品均供给不足。

Aspar称，零容忍政策是不成比例的，且将导致南美洲和北美洲必需饲料供给的完全中断。

他称，没有贸易公司能够忍受保证那些在主要出口国家已经获得批准的产品中完全不含转基因食品的风险。

欧洲复合饲料生产商联盟(European Compound Feed Manufacturers Federation, FEFAC)主席Pedro Correa de Barros称，目前对玉米黄浆饲料的实际禁止令欧盟饲料成本比历史高价高出6,000万欧元到9,000万欧元。

Correa de Barros称，对大豆饲料的相似禁止令将对欧洲家畜养殖商产生破坏性后果，瓦解欧盟猪和家禽养殖链。